在傳統(tǒng)的廣角光學落射熒光顯微鏡，標本發(fā)出二次熒光經常發(fā)生通過激發(fā)卷和掩蓋的特點在于客觀焦平面分辨率。

較厚的標本（大于2微米），這通常表現(xiàn)出這樣的熒光高度的較細的細節(jié)丟失的問題更為復雜。

共聚焦顯微鏡提供只有邊際改善軸向（Z;沿光軸）和橫向（x和y在試樣的平面）光學分辨率，而且是能夠排除在從焦平面從產生的圖像區(qū)域的二次熒光。

即使分辨率有所提高共聚焦顯微鏡比傳統(tǒng)的廣角技術，它仍然是比透射電鏡少。

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