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共焦點熒光顯微鏡與普通熒光顯微鏡相比，有一下優點：
1、多重染色
1)多重染色時，各染料之間的cross-talk較少。
2)可使用Cy5染料 Cy5的激發波長是645nm, 熒光emission波長是670-680nm, 人眼的可見光 波長是390-750nm.
2、Z軸上的分解能高。
1)可了解組織的3D結構。
2)可觀查被染上熒光的物質在細胞里的分布：例如，是在細胞膜上還是在細胞核里。
3)即使組織標本較厚，也可獲得鮮明的畫像。
3、高畫質
1)通過調節pin-hole，不但可提高Z軸上的分解能，也可提高X-Y軸上的分解能。
2)可以在光學和電子兩個水平調節對比度，因此可以從低對比度組織標本，拍攝到高對比度的圖像。
注意點：
(1)注意調節Koehler illumination
(2)與普通熒光顯微鏡一樣，注意濾色鏡的選擇
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